在過去的二十多年中，我國的堆肥生產實踐使人們發現了該工藝生產的有機肥料存在下述問題：

1.   條垛外表溫度不能達到60℃以上，雖然翻堆，但對蟲卵、雜草種子、病原菌殺滅不完全，影響產品使用；

2.  發酵時間長（一般要求15到25天），受氣候影響大(特別是冬天無法正常生產)，最終產品質量一致性較差；

3.    占地面積大，露天發酵，對空氣和土地等形成二次污染；

4.   很難形成規?；a（目前均在1萬噸/年.以下）。

5.    生產操作均為人工作業，勞動強度大，環境惡劣（惡臭），新生代工人基本上不愿意在這種環境中工作。

6.     究其原因，是我國的堆肥生產絕大部分是開放式系統。自1932年世界上第一個堆肥工廠成立至今，堆肥技術已經由開放式發展到發酵倉式系統，該系統通過控制氧氣和水分, 使物料生物降解和轉化條件完全可控，從而實現自動控制的工廠化生產。這就是我國企業與世界先進技術的差距和存在上述問題的原因。